从本世纪60年代起，日本就建立了覆盖全体国民的医疗保险制度，每一个年满20岁的日本国民，都要加入到医疗保险体系中来。日本医疗保险组织的基金主要来自投保者交纳的保险费，包括雇主为雇员缴纳的保险费和投保者缴纳的保险费，赤字部分由国家财政补贴。目前日本医疗保险费率为工资收入的8%左右。对于一般有固定工资收入的工薪阶层，如国家和地方公务员、企业中的被雇佣者等，事先强制性地从工资中扣除个人应缴纳的医疗保险费用；对于农民、个体户等无固定收入者，则让他们每月定期到当地社会保险部门缴纳保险费；失业人员及职工遗属则用失业保险金和遗属年金来缴纳医疗保险费。
截至去年底，日本共有9.9万家医院、诊疗所经医疗保险组织审核批准，取得为被保险者提供医疗服务的资格。已经投保的日本国民可持医疗保险卡到其中任何一家医院、诊疗所就诊。医疗费用报销范围总的来说，包括医生的诊疗费和药费两部分。医生诊疗的每个行为和用药的价格都由国家确定，政府还经常根据物价因素等对诊疗项目及用药的价格进行调整。被保险者在医疗机构看病后，只需支付个人应负担的金额（目前是医疗费用的20%）。医疗机构定期把医疗结算清单送交医疗保险部门，医疗保险部门委托医疗费用支付基金会和国民健康保险团体联合会（第三方机关）进行审查，核实医疗保险要求付费的结算清单中，是否存在浪费的情况。在日本，医疗保险机构对医疗机构的各种审核和检查都非常严格，像医院开大处方等违规、违纪的情况一经查实，立即会被取消为保险者提供医疗服务的资格，医院也就没有了最主要的经济来源。医疗机构的费用结算清单经过审查无误后，由医疗保险部门通知设在全国各地的医疗费用支付基金会和国民健康保险团体联合会办事机构向医院、诊疗所支付医疗费用。
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